Nasceu em Silves, a 5 de janeiro de 1907. filho de Maria Teresa e de Joaquim Gonçalves.
Operário da construção civil, participou na Revolta de 26 de agosto de 1931 e foi preso nesse mesmo dia por uma força da PSP «numas terras próximas de Entrecampos, onde se encontrava escondido juntamente com outros civis armados que fizeram fogo sobre a mesma força».
Levado para a Cadeia Nacional/Penitenciária de Lisboa e deportado para Timor na semana seguinte, Boaventura Gonçalves integrou a leva de 358 presos políticos (271 civis e 87 militares) que, em 2 de setembro, embarcou no navio Pedro Gomes rumo àquela colónia.
Naquele transporte seguiam os principais chefes militares da revolta de 26 de agosto, tendo o barco navegado pelo Mar Mediterrâneo, atravessado o Canal do Suez e chegado a Dili em 16 de outubro, sem fazer qualquer escala nas outras colónias portuguesas.
Abrangido pela amnistia de 5 de dezembro de 1932, regressou no paquete Moçambique que atracou no Cais da Rocha do Conde de Óbidos em 9 de junho de 1933.
Apresentou-se na Polícia Política em 12 de junho de 1933. Três anos após o regresso da primeira deportação, Boaventura Gonçalves estava como empregado de comércio em Lisboa. Em 12 de julho de 1936 foi preso pela Secção Política e Social da Polícia de Vigilância e Defesa Social, sendo então responsável por uma tipografia do Partido Comunista. Encaminhado para uma esquadra, foi transferido, em 17 de agosto, para a 1.ª Esquadra e, em 27 do mesmo mês, passou para o Aljube.
Em 17 de outubro de 1936 seguiu para o Campo de Concentração do Tarrafal, em Cabo Verde, incorporando o primeiro grupo de presos políticos que aí foram encarcerados. Integrou a Organização Comunista Prisional do Tarrafal (OCPT) e, na sequência de divergências no seu seio, formou, com Álvaro Duque da Fonseca, Fernando Macedo, Fernando Quirino, Jaime Tiago, José de Sousa, Leonilde Felizardo e Virgílio de Sousa, o Grupo dos Comunistas Afastados, todos expulsos do Partido Comunista em 1943.
Cândido de Oliveira, no livro póstumo Tarrafal - O Pântano da Morte, refere que Boaventura Gonçalves foi um dos muitos tarrafalistas afectados pela biliosa, registada em 16 de janeiro de 1938.
Regressou do Tarrafal em 1 de outubro de 1944, seguiu para Caxias e só em 1 de Novembro desse ano é que foi a julgamento, tendo sido condenado pelo Tribunal Militar Especial a 24 meses de prisão correcional. Tinha estado preso preventivamente 8 anos e 112 dias!
Libertado em 8 de novembro de 1944, desconhece-se o seu percurso posterior.