Natural de Vila do Bispo, onde nasceu em 22 de julho de 1901, filho de Isabel Francisca Angélica e de Manuel Afonso.
Fiel dos Caminhos-de-Ferro Portugueses e Secretário do Sindicato dos Ferroviários, participou nos preparativos da Greve Geral de 18 de janeiro de 1934, mantendo contactos com Manuel Vieira Tomé (dirigente comunista ferroviário preso em Abril de 1934 e encontrado enforcado no Aljube) e José Cerqueira Valentim, estando encarregado de mobilizar pessoal ferroviário das linhas de Oeste e da Beira Baixa. Manteve também ligações a Coimbra através de Álvaro Pinto Teixeira, Henrique Fernandes Bastos e José Augusto Frutuoso.
Talvez por ter tentado a participação dos fatores das estações de Caldas da Rainha e de Leiria e estes não terem aderido, foi preso em 15 de janeiro, três dias antes da eclosão do movimento revolucionário.
Julgado pelo Tribunal Militar Especial em 19 de março, foi condenado a três anos de desterro, seis mil escudos de multa e perda dos direitos políticos por cinco anos.
António Afonso Pereira embarcou para Angra do Heroísmo em 23 de setembro de 1934 e dois anos depois, a 23 de outubro de 1936, foi enviado para o Tarrafal, de onde regressou em 15 de julho de 1940 e saiu em liberdade.
Condenado a três anos, cumpriu no total seis anos e meio.