Natural de Lisboa, filho de José Francisco Pereira e de Jeronima da Costa Pereira.
1.º Artilheiro do «Bartolomeu Dias» e militante da ORA-Organização Revolucionária da Armada. Acusado de "insubordinação" (Revolta dos Marinheiros"), foi entregue à PVDE pelas autoridades de Marinha em 8 de setembro de 1936, "recolhendo ao 3.º Posto da 14.ª Esquadra - «Mitra»". Dez dias depois, dá entrada na Penitenciária de Lisboa.
A 13 de outubro de 1936, é condenado pelo Tribunal Militar Especial na pena de 5 anos de prisão maior celular seguidos de 10 anos de degredo ou, "em alternativa, na pena de 17 anos e meio de degredo em possessão de 2.ª classe".
Em 17 de outubro, embarca para o Campo de Concentração do Tarrafal, em Cabo Verde.
Menos de um ano depois, a 20 de setembro de 1937, a morte chegou ao Campo e, em cerca de um mês, a “febre biliosa” vitimou sete prisioneiros, todos eles pertencentes à primeira leva que "inaugurara" o campo de concentração em outubro de 1936. Francisco José Pereira é o primeiro deportado a morrer no Tarrafal.