Joaquim Pinto de Andrade nasceu no Golungo Alto, província do Cuanza Norte, Angola, a 22 de julho de 1926, filho de José Cristino Pinto de Andrade, funcionário dos Serviços de Fazenda (Finanças) e um dos fundadores da Liga Nacional Africana, e de Maria Joaquina Pinto da Rocha, pequena fazendeira.
É em casa, com a mãe, que estuda até à 3ª classe, passando depois para o ensino oficial.
Aos 13 anos, acompanhado pelo irmão Mário, dois anos mais novo, ingressa no Seminário Católico de Luanda. Concluído o curso em 1947, é colocado como professor no Seminário de Malange, onde permanece até Setembro de 1948.
Parte depois para Roma onde, em 1952, é ordenado padre e conclui os seus estudos: licenciatura em Teologia e bacharelato em Filosofia.
Durante a sua permanência na Europa, Joaquim mantém contacto com o irmão Mário, então a estudar em Lisboa, e com outros jovens intelectuais africanos, como Amílcar Cabral, Agostinho Neto, Humberto Machado, Noémia de Sousa, Alda do Espírito Santo, Francisco José Tenreiro.
De regresso a Angola, em 1953, vai ser professor nos Seminários Menor e Maior, e pároco de uma paróquia experimental da periferia de Luanda, além de assistente de um grupo de Ação Católica constituído maioritariamente por europeus
Viaja frequentemente para a Europa e, em 1956, é um dos quatro participantes das colónias portuguesas no 1.º Congresso dos Escritores e Artistas Negros, realizado em Paris, juntamente com o angolano Manuel dos Santos Lima e o moçambicano Marcelino dos Santos, além do seu irmão Mário, que foi secretário do congresso.
Em 1958, Joaquim Pinto de Andrade é designado chanceler da Arquidiocese de Luanda, continuando como professor dos seminários Menor e Maior e exercendo funções de secretário da Câmara Eclesiástica.
Em janeiro de 1959, a PIDE, entretanto já estendida a Angola, indica Joaquim Pinto de Andrade e dois outros sacerdotes, Alexandre do Nascimento e Franklim da Costa, como integrantes de um grupo «separatista» de que também fariam parte André de Sousa, Higino Aires e Ilídio Machado. E, em março de 1959, desencadeia uma enorme vaga de prisões de nacionalistas angolanos.
Joaquim Pinto de Andrade dinamiza a recolha de donativos para presos e famílias, assegurando a sua distribuição, além de divulgar informação sobre os presos, nomeadamente durante o Congresso da Organização Internacional do Trabalho (OIT) que decorreu em Luanda em novembro/dezembro de 1959.
Em 25 de junho de 1960 dá-se, para Joaquim Pinto de Andrade, a primeira de uma longa série de prisões. Enviado para a cadeia do Aljube, em Lisboa, onde passa cinco meses incomunicável, é deportado em novembro para a Ilha do Príncipe, sendo transferido de novo para o Aljube em 25 de abril de 1961, após o início da luta armada de libertação em Angola.
Em 1962, o MPLA nomeou-o Presidente honorário do Partido.
Sucedem-se períodos de residência fixa no mosteiro beneditino de Singeverga e num quarto de uma pensão em Ponte de Sôr, alternando com períodos de prisão – Delegação da PIDE do Porto, Aljube, Caxias – até que após a visita do Papa Paulo VI a Portugal, é autorizado a escolher um local de residência. Fixa-se em Lisboa, onde frequenta a Faculdade de Direto, até ser de novo preso, em abril de 1970, sendo então julgado no Tribunal Plenário de Lisboa, que o condena a três anos de prisão maior e perda de direitos políticos por 15 anos e medidas de segurança de períodos prorrogáveis de 6 meses a 3 anos.
Na cadeia do Forte de Peniche, onde cumpre pena, pede a redução ao estado laico e casa-se, a 27 de novembro de 1971, com Vitória de Almeida e Sousa. Sai em liberdade a 7 de abril de 1973.
Após a independência de Angola, é convidado para Diretor do novo Instituto de Investigação Pedagógica, mas é afastado no decurso das dissensões políticas que marcaram o MPLA no poder. Casado, pai de família, mantém, a par com a atividade profissional, militância em organizações católicas e, após 14 anos de apagamento político, volta a ressurgir, em 1990, na formação da Associação Cívica Angolana. Cidadão empenhado até ao fim, com uma breve passagem por um partido político de oposição, o Partido Renovador Democrático, morre a 23 de Fevereiro de 2008.